時代は軍国主義から第二次世界大戦へ突入し、保土ヶ谷教会も試練の時を迎えることとなりました。 戦争の激化に伴い、外国人宣教師は転地・抑留を余儀なくされ、山手司教座教会も 日本軍の宿舎として使用されるようになりました。そのため保土ヶ谷教会はこの期間 司教館として使用されました。しかし横浜教区長ラウレンス戸田帯刀神父は、終戦の ３日後終戦の混乱の中、当司祭館にて凶弾に倒れています
。